El Instituto de Música tiene como misión formar ética y profesionalmente a sus alumnos, inspirado en los principios humanistas de la fe cristiana, como también preservar e incrementar el acervo cultural y patrimonial de la música en Chile y desarrollar la investigación, la composición e interpretación de diversas manifestaciones y obras del arte musical.
Para dar cumplimiento a su misión, el Instituto basa su acción en los conceptos de universalidad y diversidad del arte que permita consolidar las distintas culturas musicales. De acuerdo a lo anterior, orienta su labor hacia el cultivo y desarrollo de la música en el ámbito de su disciplina y en el campo de las artes, las ciencias y las humanidades, concretando su quehacer en la formación de excelencia del músico intérprete, compositor o investigador, y privilegiando el servicio a las personas.